Lịch sử hình thành và phát triển giáo họ Yên Cư gằn liền với sự phát triển giáo họ Sàn, giáo xứ Mỹ Lộc. Năm 1917, có 4 anh em nhà cụ Phanxicô X. Nguyễn Văn Biểu (+1942), tên thật là cụ Phanxicô X. Nguyễn Văn Lệ từ giáo họ Sàn lên vùng đất thuộc họ Yên Cư để lập nghiệp. Cùng đi với cụ Phaxicô X. Lệ còn có 7 gia đình khác: gia đình cụ Anna Nguyễn Thị Hẻo; cụ Phanxicô X. Nguyễn Văn Ngỗng; chi nhà bố ông quản Giới; gia đình nhà bố bà Anna Luật; cụ Giuse Đê; gia đình ông trùm Phaxicô X. Bình; gia đình nhà bố ông Khuông.
Đó là những tín hữu đầu tiên của giáo họ Yên Cư, những người đầu tiên lên lập nghiệp ở Yên Cư đều là người giáo họ Sàn. Lúc đầu lên Yên Cư lập nghiệp thì những người giáo dân đâu tiên vẫn trở vềgiáo họ Sàn để đi nhà thờ và tham dự thánh lễ.
Nhưng sau đó, những người tín hữu nơi đây đã dựng lên ngôi nhà nguyện đầu tiên bằng cây tre, tường đất và mái rạ. Có người cho rằng ngôi nhà thờ này nằm ngay trên mảnh đất của ngôi nhà thờ hiện tại. Một số khác lại cho rằng, ban đầu, các vị tiền nhân dựng ngôi nhà thờ bằng mái rạ cách vị trí hiện tại khoảng 300m, giáp với bờ sông Thương.
Quả thực, thật khó để xác định vị trí ngôi nhà thờ thứ nhất, vì hiện nay tất cả những người đầu tiên tới mảnh đất này đã qua đời. Hơn nữa, không còn bất kỳ một dấu tích nào minh chứng cho thấy vị trí dựng ngôi nhà thờ đó nữa. Tuy nhiên, qua một vài nhân chứng, đặc biệt là cụ Anna Nguyễn Thị Thái (sinh 1919, hiện nay đã 98 tuổi), con cụ Phanxicô X. Nguyễn Văn Hội, cho biết trước khi ngôi nhà thờ thứ 2 được xây dựng năm 1942, mọi người đã tập chung đọc kinh cầu nguyện tại ngôi nhà nguyện bằng rạ này.
Vào giữa thế kỷ XX, đạo Công Giáo phát triển khá mạnh tại khu vực huyện Yên Thế. Trong gia đoạn này, có nhiều bằng chứng cho thấy tương quan giữa các tín hữu nơi đây với những người xung quanh diễn ra rất tốt đẹp. Năm 1942, có cụ Đinh Quang Chiểu, người làng Cầu Gồ, thuộc tôn giáo bạn, đã hiến tặng bộ khung gỗ giúp cho giáo họ Yên Cư dựng lên ngôi nhà thờ thứ 2 thay thế cho ngôi nhà thờ bằng tường đất đã xuống cấp. Ngôi nhà nguyện này được hoàn thiện ngày 5/5/1946, do cha Niêm, cha xứ Mỹ Lộc lúc đó làm phép (còn giấy tờ viết tay). Theo giáo dân nơi đây kể lại, trong khi dựng ngôi nhà thờ thứ 2 này, có nhiều người không cùng tôn giáo đã quảng đại đóng góp công sức và tiền của để giúp giáo họ sớm có nơi họp nhau cầu nguyện. Đó là những dấu chỉ tốt đẹp cho một tương lai tươi sáng.Hy vọng rằng, những tình cảm tốt đẹp giữa các tôn giáo trên mảnh đất Yên Thế sẽ mãi mãi được gìn giữ và lưu truyền. Để rồi, mối tương quan đó sẽ trở nên những giá trị văn hóa thiêng liêng làm kim chỉ nam cho con cháu sau này.
Trải qua thời gian hơn 50 năm, ngôi nhà thờ bằng gỗ đã xuống cấp nghiêm trọng. Hơn nữa, số giáo dân trong dân họ ngày một gia tăng. Năm 2008, cha xứ Giuse Nguyễn Văn Khiêm và giáo dân họ đã chung tay khởi công xây dựng ngôi nhà thờ mới. Nhờ ơn Chúa giúp, cùng với sự giúp đỡ quảng đại của mọi người trong và ngoài Giáo Phận, giáo họ Yên Cư đã hoàn thiện ngôi nhà thờ mới với diện tích khoảng gần 400m2, cùng một tháp chuông cao khoảng 27m. Ngày 20 tháng 12 năm 2012, thánh lễ làm phép nhà thờ họ Yên Cư được cử hành do Đức Cha Cosma Hoàng Văn Đạt chủ tế, cùng với hơn 20 linh mục đồng tế và hơn 2000 giáo dân trong và ngoài giáo xứ đến tham dự.
Trước năm 2014, giáo họ Yên Cư và Bố Hạ là hai trong 5 giáo họ thuộc về giáo xứ Mỹ Lộc. Tuy nhiên, ngày 15 tháng 5 năm 2014, Cha Giuse Trần Đức Huyên được bổ nhiệm làm cha xứ tiên khởi giáo xứ Lục Hạ. Đồng thời giáo họ Yên Cư và Bố Hạ cũng được đưa về xứ Lục Hạ để thuận tiện cho công việc mục vụ. Hiện nay, giáo họ Yên Cư có khoảng 206 hộ, với 827 nhân danh nằm rải rác trên 5 xã thuộc 2 huyện Yên Thế và Tân Yên.
Năm 2017, giáo họ Yên Cư sẽ được 100 tuổi, một thế kỷ không phải là dài nhưng thời gian đó cũng đủ để nói lên biết bao nhiêu kỷ niệm đối với sự hình thành và phát triển của một giáo họ. Từ một nhóm người ít ỏi, Yên Cư hiện nay đã trở thành một giáo họ lớn mạnh. Từ một ngôi nhà thớ bé nhỏ và khiêm tốn khi mới lập họ, nay giữa lòng giáo họ đã mọc lên ngôi thánh đường rộng rãi và khang trang. Đời sống đức tin của giáo phận được tăng triển mạnh mẽ. Giáo họ có các hội đoàn như huynh đoàn Đaminh giáo dân, hội trưởng gia đình, hội mân côi, phong trào thiếu nhi Thánh Thể….
TT Bắc Ninh